Sự hiện diện của B. mindorensis trên đảo Mindoro, cùng với phát hiện hóa thạch trâu tại các đảo khác xung quanh quần đảo chỉ ra rằng họ trâu đã từng phổ biến rộng rãi trên khắp Philippines.[17][18] Trên thực tế, hóa thạch tìm được vào thế kỷ XX cho biết B. mindorensis đã từng phân bố trên đảo Luzon, phía bắc của Philippine trong suốt kỷ nguyên canh tân.[19]

Là thành viên thuộc họ Bovidae, họ hàng gần của trâu rừng Philippines là trâu nước (Bubalus bubalis) đã được xác nhận rất nhiều lần trong quá khứ. Chúng từng được xem là một phân loài của loài B. bubalis (như Anoa bubalis), Anoa bubalis mindorensis.[20] Nghiên cứu phân tích di truyền gần đây về thành viên cùng họ đã củng cố thêm quan điểm này.[21]